Decadencia del Protectorado

San Martín tenia un ministro de guerra y relaciones exteriores llamado Bernardo Monteagudo, nacido en Tucuman (Argentina), abogado mulato, participó en las revueltas contra el régimen colonial en Chuquisaca en 1809. Conoció a San Martín en las campañas de Buenos Aires, marchó con el a Chile y en el Perú se convirtió en pieza clave del protectorado. Se dice que era una persona de ideas radicales, de modales no muy finos, era un enemigo acérrimo de los españoles. Así Monteagudo emprendió una feroz campaña contra los españoles en Lima; tanto así que muchas familias fueron expulsadas del Perú, confiscándoseles sus bienes. Esto desanimó a una parte de la nobleza limeña respecto a la independencia. Además había una fuerte resistencia de los ejércitos del virrey en el sur andino. Por ello, mientras San Martín estuvo en el Perú, organizó a su ejercitó e hizo un bosquejo de un plan de campaña llamada "Plan de campaña por puertos intermedios". Consistía en atacar a los españoles por 3 frentes:
- Un ejército expedicionario embarcado en el Callao debería atacar a los españoles por los puertos  intermedios del sur, situados en la costa entre Arequipa y Tarapacá.
- Otro ejército patriota salido de Lima atacaría por la región centro para evitar que se unieran a las tropas españolas del sur.
- Un ejercito argentino atacaría a los españoles por el alto Perú (Bolivia).

Para concretar su plan de campaña solicitó el apoyo militar del general Simón Bolivar. El 26 de julio de 1822 se produjo la entrevista de Guayaquil.
Cuando San Martín retornó al Perú, encontró que los liberales habían deportado a su primer ministro Bernardo Monteagudo, acusándolo de enemigo de la patria. Entonces San Martín convocó a un Congreso Constituyente, tras lo cual presentó su renuncia a todos los cargos públicos que ejercía y abandonó el Perú.

El primer Congreso constituyente del Perú asumió todos los poderes, decidió formar una Suprema Junta gubernativa presidida por José de la Mar el 21 de Setiembre de 1822. Esta junta decidió poner en práctica el plan de campaña de San Martín y se dispuso:
- La expedición militar estaría dirigida por el general Rudecindo Alvarado.
- Se hizo gestiones ante el gobierno de Buenos Aires para atacar a los realistas por el Alto Perú (no dio resultado por dificultades internas de ese gobierno).
- Se delegó al general Juan Antonio Alvarez de arenales que atacará a Canterác por Jauja con ayuda de la división colombiana al mando de Juan Paz del Castillo (enviado por Bolivar a pedido del Perú). Pero este se negó a entrar en acción aduciendo falta de equipamiento de sus tropas (tampoco quería actuar como subordinado de Arenales, además seguía las ordenes de Bolivar de mantener intacta la división enviada desde Colombia). Esto hizo que Arenales no iniciara a tiempo su accionar. Esta acción se suspendió por falta de apoyo.
- La financiación de la organización de las fuerzas militares fueron gracias a prestamos internos (de   los grandes comerciantes).
- Cada división conservaba su propia bandera e insignias nacionales.
- Estas tropas eran conocidas con el nombre de "Ejército Libertador del Sur".

PRIMERA CAMPAÑA DE PUNTOS INTERMEDIOS


Juan Antonio Alvarez de Arenales inició la Campaña de Intermedios, desembarcó en Iquique iniciando su acción sobre el Alto Perú(aunque sin dar instrucciones precisas). Luego se dirigió a Arica permaneciendo 3 semanas allí. El virrey La Serna se enteró y ordenó a sus generales Canterac y Jerónimo de Valdés acudir con sus tropas contra los patriotas, Alvarado de Arica va hacia Tacna dándose con la sorpresa de que las tropas realistas al mando de Jerónimo de Valdés habían avanzado rápidamente desde el Alto Perú hacia Moquegua, atrincherándose allí esperando el apoyo de las tropas de Canterac. Ambas tropas unidas vencieron a Alvarado, esta es la "Batalla de Torata" (19 de enero de 1823). Los realistas persiguieron a las tropas de Alvarado alcanzándolas y venciéndolas nuevamente en la "Batalla de Moquegua" (21 de enero de 1823). Las tropas patriotas se redujeron a la cuarta parte de su número original, tuvieron que embarcarse precipitadamente en Ilo, retornando al Callao cerca de mil sobrevivientes.
Esta campaña fracasó pues los oficiales patriotas no pusieron el mismo dinamismo en estas acciones bélicas, la lentitud con que se desarrollaron las operaciones y las erradas decisiones contribuyeron al fracaso, salvo algunas victorias parciales con Guillermo Miller en las localidades de Camaná, Carevelí y Chala (Arequipa).

Consecuencias:
- En Lima se produjo el primer golpe de estado.
- Los generales del ejército obligaron al congreso a disolver la Junta de Gobierno y designaron como presidente del Perú al coronel José de la Riva Agüero Este organizó la segunda campaña de intermedios.


SEGUNDA CAMPAÑA DE INTERMEDIOS

Ocurrió entre mayo y octubre de 1823. Retomando el plan de la primera campaña de intercambios, el ejército peruano, al mando del general Andres de Santa Cruz, desembarcó en los puertos intermedios del sur del Perú y se adentró hasta el Alto Perú, esta región fue tomada por el virrey La Serna. En la Batalla de Zepita (25 de agosto de 1823) a orillas del lago Titicaca, logró vencer a los realistas pero dejó que Jerónimo de Valdés se retirara con sus tropas realistas. Esto provocó que se reforzara y hubo un masivo ataque de los realistas y nuestros ejércitos tuvieron que retroceder a la costa y los sobrevivientes se embarcaron a duras penas porque no llegó a tiempo el refuerzo proveniente de Chile pues llegaron cuando ya se habían embarcado de regreso, así que tuvieron que regresar a Chile sin desembarcar.
La segunda campaña al igual que la primera, culminó en fracaso.

Consecuencias:
- Mientras se desarrollaba esta campaña, había una casi nula defenza militar en Lima. Las tropas realistas tomaron la capital el 18 de junio de 1823. Parte del congreso de pasó al bando realista y la élite criolla que no tuvo participación directa en la firma de la independencia, unas diez mil personas dejaron la ciudad temerosos de posibles represalias del bando realista.
- El presidente Riva Agüero trasladó su sede de gobierno al Callao y los parlamentarios trasladaron el congreso a Trujillo.
-  Se creó un poder militar al mando de Antonio José de Suere (venezolano) y le dieron las facultades iguales a la del presidente mientras durara la crisis y exoneraron de su cargo a Riva Agüero.
- Se solicitó la colaboración de Simon Bolivar en la lucha contra los españoles ( 19 de junio de 1823).
- Riva Agüero no acató la disposición del congreso y viajó a Trujillo con parte de las autoridades. Mantuvo su embestidura de presidente, disolvió el congreso, creó un senado con 10 diputados.
- El 16 de junio de 1823 Canterac se retira de lima, la capital es tomada por los independientes.
- El congreso regresó a Lima, nombrando como presidente de la república a Torre Tagle el 16 de agosto de 1823. Era un caos pues existían 2 gobiernos: Riva Agüero en Trujillo y Torre Tagle en Lima.
- Por pedido unánime de la población pidieron la intervención personal de Bolivar y su ejército gran colombiano, que era visto como el único que podía salvar al Perú.